九江市生态环境保护综合执法局整合原环境保护部门污染防治、生态保护、核与辐射安全等方面执法职责,原国土部门地下水污染防治执法职责和对因开发土地、矿藏造成生态破坏的执法职责,原农业部门农业面源污染防治执法职责,水利部门流域水生态环境保护执法职责,林业部门对自然保护地内进行非法开矿、修路、筑坝、建设等造成生态破坏执法职责;

九江市生态环境局派驻各县(市、区)生态环境保护综合执法大队对应整合县(市、区)相关部门职责,统一以市生态环境局名义行使辖区内的生态环境保护执法职责。主要职责是:(一)依法开展辖区内污染防治、生态保护、核与辐射安全等方面的日常监督检查,负责各辖区内生态环境综合执法工作,依法查处生态环境违法行为。(二)依法承担辖区内建设项目生态环境保护事中、事后监督管理工作。(三)落实上级布置的各项环保专项行动和“双随机、一公开”组织实施工作;开展辖区内生态环境隐患排查和督促整改;配合开展联合检查和交叉检查。(四)负责调查处理辖区内生态环境污染事故、生态破坏事件及生态环境污染纠纷问题。(五)负责环境监管信息化工作,建立完善重点污染源自动监测数据管理。(六)负责“12345”环保热线和微信网络平台管理及其信访、投诉、举报件的处理工作。(七)负责辖区内生态环境应急管理工作;(八)完成上级交办的其他任务。